1기 1화 눈물의 진주목걸이 <제트 코스터 살인사건> 1기 40화 뒤바뀐 가방 <게임 회사 살인사건> 2기 26화 10억원 강도 사건 <검은 조직 10억엔 강탈사건>
2기 27화 검은조직에서 온 여자와 위조지폐 사건(전편) 2기 28화 검은조직에서 온 여자와 위조지폐 사건(후편) 2기 29화 검은조직에서 온 여자와 대학교수 살인사건(전편) 2기 30화 검은조직에서 온 여자와 대학교수 살인사건(후편)
3기 18화 검은 조직과의 재회(홍장미편) 3기 19화 검은 조직과의 재회(코난편) 3기 20화 검은 조직과의 재회(해결편)
4기 17화 수수께끼의승객(전편) 4기 18화 수수께끼의승객(후편)
4기 29화 뭉치의수난시대
5기 13화 남도일의뉴욕사건(사건편) 5기 14화 남도일의뉴욕사건(추리편) 5기 15화 남도일의뉴욕사건(해결편)
미공개X파일 2기 5화 남겨진 소리 없는 증언(전편) 미공개X파일 2기 6화 남겨진 소리 없는 증언(후편)
5기 32화 검은조직과의 접촉(교섭편) 5기 33화 검은조직과의 접촉(추적편) 5기 34화 검은조직과의 접촉(결사편)
<극장판: 05기 천국으로의 카운트다운>
6기 11화 검은 조직과의 정면 승부! 만월의 밤의 더블 미스터리 6기 12화 검은 조직과의 정면 승부! 만월의 밤의 더블 미스터리 6기 13화 검은 조직과의 정면 승부! 만월의 밤의 더블 미스터리 6기 14화 검은 조직과의 정면 승부! 만월의 밤의 더블 미스터리 6기 15화 검은 조직과의 정면 승부! 만월의 밤의 더블 미스터리
7기 25화 블랙임팩트! 조직의손이닿는순간1 7기 26화 블랙임팩트! 조직의손이닿는순간2 7기 27화 블랙임팩트! 조직의손이닿는순간3 7기 28화 블랙임팩트! 조직의손이닿는순간4 7기 29화 블랙임팩트! 조직의손이닿는순간5
8기 9화 검은조직의그림자 제1부어린이목격자 8기 10화 검은조직의그림자 제2부기묘한조명 8기 11화 검은조직의그림자 제3부의문의고약아르바이트 8기 12화 검은조직의그림자 제4부진주의유성
8기 32화 검은사진의행방(전편) 8기 33화 검은사진의행방(후편)
8기 37화 적과 흑의 크래쉬 - 발단 8기 38화 적과 흑의 크래쉬 - 혈연 8기 39화 적과 흑의 크래쉬 - 절규 8기 40화 적과 흑의 크래쉬 - 저승 8기 41화 적과 흑의 크래쉬 - 혼수 8기 42화 적과 흑의 크래쉬 - 침입 8기 43화 적과 흑의 크래쉬 - 각성 8기 44화 적과 흑의 크래쉬 - 교란 8기 45화 적과 흑의 크래쉬 - 위장 8기 46화 적과 흑의 크래쉬 - 유언 8기 47화 적과 흑의 크래쉬 - 혐의 8기 48화 적과 흑의 크래쉬 - 결백 8기 49화 적과 흑의 크래쉬 - 결사 8기 50화 적과 흑의 크래쉬 - 순직